云南農業職業技術學院有農學與園藝技術學院、畜牧獸醫學院、食品藥品與大健康學院、工程學院、經濟管理學院、互聯網技術學院、創新創業學院、云安產業學院、馬克思主義學院、基礎部（體育工作部、公共藝術教育部）等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

一、學院設置
序號    教學部門
1    農學與園藝技術學院
2    畜牧獸醫學院
3    食品藥品與大健康學院
4    工程學院
5    經濟管理學院
6    互聯網技術學院
7    創新創業學院
8    云安產業學院
9    馬克思主義學院
10    基礎部（體育工作部、公共藝術教育部）
二、云南農業職業技術學院簡介
云南農業職業技術學院（Yunnan Vocational and Technical College of Agriculture）是經云南省人民政府批準、國家教育部備案的全日制公辦普通高等學校，是國家優質高職院校、云南省示范性高等職業院校，為全國新型職業農民培育示范基地、全國現代學徒制試點單位、農業部“中國-緬甸農業技術培訓中心”。
學校前身是始建于1904年的云南蠶桑學堂。2002年，經云南省人民政府批準，由原云南省農業學校和云南省畜牧獸醫學校合并組建云南農業職業技術學院。2018年，云南省種畜繁育推廣中心、云南省種禽繁育推廣中心和云南省原種豬繁育推廣中心并入學院，并加掛云南省種畜繁育推廣中心。