牡丹江大學有智能制造學院、建筑工程學院、醫護學院、信息與電氣工程學院、財會與金融學院、經貿與管理學院、動畫學院、傳媒與藝術學院、外語學院、思政部等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

一、學院設置
智能制造學院

建筑工程學院

醫護學院

信息與電氣工程學院

財會與金融學院

經貿與管理學院

動畫學院

傳媒與藝術學院

外語學院

思政部

體育教研部

二、牡丹江大學簡介
牡丹江大學（Mudanjiang University），坐落在黑龍江省牡丹江市，始建于1983年，是經黑龍江省人民政府批準，教育部備案，由牡丹江市人民政府主辦的一所綜合類全日制普通高等專科學校。

1983年7月，黑龍江省高教局批復同意成立牡丹江大學。1984年8月，牡丹江大學與市行政干校合并。1985年8月，學校新教學樓峻工，有了自己的校舍，告別了委托辦學、借地辦學、聯合辦學的歷史。1986年6月，牡丹江市政府決定將市直機關職工大學并入牡丹江大學。1991年5月，牡丹江市廣播電視大學并入牡丹江大學 。2012年11月15日，牡丹江大學申請升格為應用型本科院校被黑龍江省省政府批準列入國家“十二五”計劃 。2019年8月5日，牡丹江大學醫護學院成立暨揭牌儀式在牡丹江市衛生學校舉行，該學院的成立結束了牡丹江無醫護高等專科的歷史。