上海海關學院有海關與公共管理學院、海關與公共經濟學院、工商管理與關務學院、海關法律系、海關外語系、馬克思主義學院、海關檢驗檢疫系等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置
海關與公共管理學院

海關與公共經濟學院

工商管理與關務學院

海關法律系

海關外語系

馬克思主義學院

海關檢驗檢疫系

2、上海海關學院簡介
上海海關學院（Shanghai Customs College）是經教育部批準設立的具有高等學歷教育招生資格的全日制普通高等學校，直屬于中華人民共和國海關總署，為“服務國家特殊需求人才培養項目”——學士學位授予單位開展培養碩士專業學位研究生試點工作單位。首批入選上海高等學校一流本科建設引領計劃、上海高等學校一流研究生教育引領計劃。

中國海關高等教育起始于1908年清政府在北京建立稅務學堂（后更名為稅務專門學校，并遷址上海），該學堂是世界上最早從事海關高等專業教育的學校之一；上海海關學院前身為1953年設立的上海海關學校；1980年經國務院批準，升格為上海海關專科學校；1996年更名為上海海關高等專科學校。2007年3月，教育部批準在上海海關高等專科學校的基礎上設立上海海關學院。