南京醫科大學有馬克思主義學院、天元書院、姑蘇學院、基礎醫學院、第一臨床醫學院、公共衛生學院、康復醫學院、藥學院、醫學影像學院、護理學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置
馬克思主義學院、天元書院、姑蘇學院（依托單位：附屬蘇州醫院）

基礎醫學院、第一臨床醫學院

公共衛生學院、康復醫學院、無錫醫學中心（依托單位：附屬無錫人民醫院）

藥學院、醫學影像學院

護理學院、第二臨床醫學院、常州醫學中心（依托單位：第三附屬醫院）

生物醫學工程與信息學院、第三臨床醫學院

醫政學院、第四臨床醫學院、泰州臨床醫學院（依托單位：附屬泰州人民醫院）

外國語學院、口腔醫學院

國際教育學院、兒科學院、蘇北臨床醫學研究院（依托單位：附屬淮安第一醫院）

繼續教育學院、全科醫學院

康達學院

2、南京醫科大學簡介
南京醫科大學（Nanjing Medical University）是首批教育部、國家衛生和計劃生育委員會、江蘇省共建高校和江蘇高水平大學建設高校，是教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校、國家建設高水平大學公派研究生項目實施高校、國家“特色重點學科項目”建設高校、中國政府獎學金來華留學生接收院校、江蘇省高層次人才培養計劃“333工程”培訓基地，長三角醫學教育聯盟創始成員。

學校創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。2015年9月，獲準成為首批教育部、國家衛生計生委與省政府共建醫學院校。