南京中醫藥大學有中醫學院、中西醫結合學院、藥學院、醫學院、護理學院、養老服務與管理學院、衛生經濟管理學院、人工智能與信息技術學院、國際教育學院、繼續教育學院等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、院系設置
中醫學院、中西醫結合學院、藥學院【綠色智能制藥工程學院(卓越工程師學院)掛靠，掛牌新中藥學院】

醫學院、針灸推拿學院·養生康復學院(掛牌豐盛健康學院)、護理學院

養老服務與管理學院(掛牌養老產業學院)、衛生經濟管理學院(掛牌先聲商學院)、人工智能與信息技術學院

國際教育學院(與國際合作與交流處合署)、繼續教育學院(與繼續教育處合署)、馬克思主義學院·醫學人文學院

淡安書院、國際經方學院、全科醫學院(設在泰州校區)、智能制藥與工程學院(設在泰州校區)

醫藥經貿學院(設在泰州校區)、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院、鼓樓臨床醫學院

2、南京中醫藥大學簡介
南京中醫藥大學創建于1954年，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校, 學校于2017年入圍國家“雙一流”建設高校和江蘇高水平大學建設高校，2018年成為教育部和江蘇省共建“雙一流”建設高校。建校之初，學校即為新中國高等中醫藥教育培養輸送了第一批師資，編撰、制訂了第一套教材和教學大綱，為新中國高等中醫藥教育模式的確立和推廣作出了開創性貢獻，被譽為中國“高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京。形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科支撐協調發展的辦學格局。