杭州醫學院有臨床醫學院、檢驗醫學院、護理學院、藥學院（藥物研究所）、公共衛生學院（衛生學研究所、職業病防治研究所）、醫學影像學院、存濟口腔醫學院、信息工程學院（信息與教育技術中心）、康復學院、基礎醫學與法醫學院（病毒病研究所、寄生蟲病研究所）等學院，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

1、教學機構
臨床醫學院

檢驗醫學院

護理學院

藥學院（藥物研究所）

公共衛生學院（衛生學研究所、職業病防治研究所）

醫學影像學院

存濟口腔醫學院

信息工程學院（信息與教育技術中心）

康復學院

基礎醫學與法醫學院（病毒病研究所、寄生蟲病研究所）

生物工程學院

食品科學與工程學院

馬克思主義學院

體育部

全科醫學與繼續教育學院

創新創業學院

2、杭州醫學院簡介
杭州醫學院（Hangzhou Medical College），簡稱杭醫，坐落于“人間天堂”-杭州市，是一所由浙江省人民政府舉辦，并經中華人民共和國教育部批準設立的全日制普通本科院校，入選“卓越醫生教育培養計劃″，雙萬計劃。 
杭州醫學院的前身為1925年創建的浙江省立女子產科學校，后歷經浙江省立杭州高級醫事職業學校、杭州衛生學校、杭州醫學院（舊）、浙江省衛生學校、浙江醫學高等專科學校等辦學時期，2016年升格更名為杭州醫學院。浙江省醫學科學院創辦于1928年，時為熱帶病研究所，后歷經浙江衛生實驗院、浙江醫學科學院、浙江人民衛生實驗院、浙江醫學研究院，1988年更名為浙江省醫學科學院。2019年9月杭州醫學院和浙江省醫學科學院合并。