黑龍江生態工程職業學院有生態工程系、環境保護系、生物技術系、工程技術系、經濟貿易系、人文社科系、機電信息工程系、軍體教研部、思想政治教研部、職業規劃與創業教育教研室等院系，以下是具體名單一覽表，供大家參考，如有變動，以學校最新公布的信息為準。

一、院系設置
生態工程系

環境保護系

生物技術系

工程技術系

經濟貿易系

人文社科系

機電信息工程系

軍體教研部

思想政治教研部

職業規劃與創業教育教研室

二、黑龍江生態工程職業學院簡介
黑龍江生態工程職業學院（Heilongjiang Vocational Institute Ecological Engineering）坐落在哈爾濱市，是經黑龍江省人民政府批準、國家教育部備案的全日制公辦普通高等學校，是教育部現代學徒制試點和“1+X”證書制度試點院校、黑龍江省骨干高職院校項目優秀建設單位、黑龍江省首批現代學徒制試點單位、黑龍江省森工林區創業培訓基地。
黑龍江生態工程職業學院前身為1953年建立的原林業部所屬“東北森林工業實驗學校”，1985年更名為黑龍江省森林工業管理干部學院，1999年與黑龍江省林業教育學院合并，2004年4月經黑龍江省人民政府批準、教育部備案轉型為全日制公辦高等職業院校。