近年來，高速發展的經濟建設占用了大量耕地，耕地數量銳減。若不抑制耕地減少趨勢，保持相當數量的耕地，我國糧食安全問題將受到嚴重威脅。同時，我國土地利用粗放、大量土地閑置、土地資源利用效率低。因此，必須改革土地利用方式，推行土地整理，增加農用地面積，尤其是耕地面積，實現耕地總量動態平衡，從而保證經濟建設持續發展。在此形勢下，1997年2月國務院發出通知，將土地整理作為進一步加強土地管理的重要手段。1997年8月經中央機構編制委員會辦公室和原國家土地管理局批準，在1998年1月組建成立了國家土地管理局土地整理中心，即現在國土資源部土地整理中心的前身。該中心是國土資源部負責土地開發整理工作的直屬事業單位，明確規定了在國家土地整理工作中肩負的任務。隨后，各地方政府的土地管理部門也開始設立相應的專門負責土地整理工作的機構，配合國土資源部土地整理中心的工作。1998年我國新頒布的《土地管理法》從法律的角度正式提出土地整理：土地整理逐步發展成為我國擴大耕地面積，提高土地利用效率的重要手段之一。2000年，國土資源部土地整理中心成立土地整理規劃設計研究院，專門從事土地整理的技術和理論研究。

為指導和規范土地整理，2000年我國制定了《土地開發整理標準》，包含《土地開發整理規劃編制標準》、《土地開發整理項目規劃設計規范》、《土地開發整理項目驗收規程》三項標準，這三項標準包含了土地整理工作的大部分技術層面，提供了全國統一的操作規程。同年頒布實施的還有《國家投資土地開發整理項目管理暫行辦法》和《土地開發整理項目資金管理暫行辦法》。2003年，我國制定了〈全國土地開發整理規劃》、《關于做好土地開發整理權屬管理工作的意見》，并下發了《土地開發整理若干意見》。2004年，我國頒布并實施了《土地開發整理規劃管理若干意見》。為了不斷完善和改進我國土地整理工作，2005年，國土資源部下發了《關于加強和改進土地開發整理工作的通知》。我國土地整理的管理制度體系逐步完善。

為進一步開展和落實土地整理工作，國家明確規定土地有償使用費專項用于耕地開發，并于2001年安排國家投資土地開發整理項目。截至2004年累計總投資135億元，整理土地94萬公頃，預計新增耕地27萬公頃。通過各個項目的實施取得了巨大的增地效益和經濟效益。