海關總署直屬大學只有1所，即上海海關學院，位于上海市。

上海海關學院簡介

上海海關學院前身為創建于1953年的上海海關學校；1980年5月，經國務院批準，升格為上海海關專科學校；1996年4月，原國家教委批準學院更名為上海海關高等專科學校；2007年3月，經教育部批準，設立上海海關學院，成為新設置的全日制普通高等學校，海關高等教育事業翻開了嶄新的篇章。2012年12月，被國務院學位委員會正式批準為“服務國家特殊需求人才培養項目”--學士學位授予單位開展培養專業碩士學位研究生的試點工作單位。2018年5月，學校獲批成為碩士學位授予單位，同時獲批公共管理以及稅務2個碩士專業學位授權點，同年海關管理專業成為世界海關組織PICARD標準認證專業。

學校位于上海市浦東新區，占地面積521畝。按照教育部普通高等學校設置標準，學校建有現代化的教學樓、圖書館和先進的ATM校園網，教室都具備多媒體授課的條件；并建有數碼閱覽室、視聽室、文娛活動綜合樓、網球場、游泳館、體育館等配套設施，為學生營造一個良好的學習和生活環境。