根據教育部公布的高校名單可知：昌吉本科大學有昌吉學院、新疆農業職業技術大學等學校，共計2所，且均為公辦大學。以下是昌吉所有本科大學名單一覽表，排名不分先后，希望對大家有所幫助。

序號    學校名稱    省份    城市    層次    備注
1    昌吉學院    新疆    昌吉    本科    公辦
2    新疆農業職業技術大學    新疆    昌吉    本科    公辦
昌吉學院簡介

昌吉學院（ChangJi College），位于新疆維吾爾自治區昌吉市，由新疆維吾爾自治區人民政府舉辦、教育部批準的省屬普通高等學校。是首批國家語言文字推廣基地、新疆維吾爾自治區語言文字工作示范校、鑄牢中華民族共同體意識研究與實踐基地培育單位、新疆維吾爾自治區科普教育基地、新疆低階煤高值化綠色利用自治區重點實驗室、新疆維吾爾自治區通用技術實驗教學示范中心、新疆基礎教育質量提升研究中心、教育部“特需項目”建設單位。

學校前身是始建于1959年的昌吉師范學校。1985年升格為昌吉師范專科學校。2001年5月更名為昌吉學院。